感染性疾病一直是致全球人类死亡率最高的疾病之一。正确的诊断是正确治疗的前提和关键，目前传统检测方法因目标单一、耗时长、操作复杂，难以满足现今感染性疾病诊治的临床需求。得益于高通量测序技术的不断发展，近年宏基因组测序技术（mNGS）以其高灵敏度、快速和准确的特点，开始应用于临床病原体检测，为感染性疾病的诊断提供了一个更全面、快速且精准的检测方法。
今天，让我们一起来看一篇《新英格兰医学杂志》上报道的临床案例，看看宏基因组测序诊断是如何成功挽救严重脑膜炎患儿生命的。
宏基因组测序快速且精准诊断脑膜炎感染中的病原体[1]
面对严重且反复的病情，治疗之路漫长且艰辛一名14岁患先天免疫严重联合免疫缺陷（SCID）美国儿童，在从波多黎各旅行归来后，出现了头痛和发烧症状。在长达4个月的时间内一直出现发热和头疼症状，男孩的病情一直没有得到有效控制，最后发展为脑积水和癫痫状态，被送进了重症监护。
常规病原体检测方法均未明确病原体在患者前2次入院治疗过程中，曾分别对血液，脑脊液，脑部组织、尿液、粪便等做过菌培养、PCR等病原学检测，结果多呈阴性或被认为与病情无关，因此医生一直未针对患者的感染施药。
48小时，宏基因组技术锁定脑膜炎致病元凶——钩端螺旋体通过对患者脑脊液样本的DNA进行提取、建库和测序，整个过程耗时48小时，得到约万条DNA序列。经过与美国国家生物技术信息中心维护的GenBank进行比对，发现有个不同的DNA序列是来自一种称为钩端螺旋体（Leptospira）的细菌，后续通过PCR和血清学检测证实了这一结果。
针对钩端螺旋体精准用药，患者痊愈医院根据检出结果决定针对钩端螺旋体病菌感染用最普通的盘尼西林（青霉素G）治疗，病重的男童病情逐步好转并在完成抗菌治疗的14天后完成康复治疗出院。
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诊治流程
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总结
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因先天性免疫缺陷患者自身免疫力低下，导致感染的可能性很高，且感染来源复杂，传统方法对脑膜炎病原体检测存在诸多局限性，常常导致诊治困难，进而错过最佳治疗时期。在这个案例中的男童虽有脑膜炎症状，但近一年的时间里多种传统检测方法反复检测却一直未能检出病原体。运用宏基因组测序技术，仅48h即可快速且精准地从患者的脑脊液样本中鉴定到了钩端螺旋体，辅助医生准确进行抗菌治疗，并最终治愈患者。这符合当今对感染性疾病诊断的迫切需求。
因此，宏基因组学测序技术有望成为未来感染性疾病的快速精准诊断方法。
参考文献：
[1]Wilson,M.R.,Naccache,S.N.,Samayoa,E.,Biagtan,M.,Bashir,H.,Yu,G.,...Chiu,C.Y.().ActionableDiagnosisofNeuroleptospirosisbyNext-GenerationSequencing.NewEnglandJournalofMedicine,(25),-.doi:10./nejmoa
编辑：艰难君
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